Am 12. November 1542 wurde die Michaeliskirche evangelisch-lutherische Pfarrkirche. Der Benediktinerkonvent blieb jedoch bis 1803 bestehen und durfte die „kleine Michaeliskirche“ im Kreuzgang sowie die Bernwardskrypta zum Gottesdienst nutzen. Die Krypta ist bis heute katholisch.
Bei den Luftangriffen auf Hildesheim wurde die Kirche beschädigt und am 22. März 1945 zerstört. Die Holzdecke und die Kunstschätze waren vorher ausgelagert worden und blieben unversehrt. Nach Kriegsende erfolgte der Wiederaufbau der Kirche ab 1947 auf den vorromanischen Resten nach den ursprünglichen Plänen. Der Wiederaufbau wurde möglich durch die christlich-jüdische, deutsch-amerikanische Partnerschaft.
Am 20. August 1950 erfolgte die Wiedereinweihung des Langhauses und des westlichen Querhauses. Endgültig fertiggestellt und wiedergeweiht wurde das Gotteshaus 1960.