Die Herren von Schönburg erhielten den Klosterbesitz im Tausch gegen Hohnstein, Wehlen und Lohmen. Seitdem hat es den Namen Wechselburg. Der Deutsche Orden versuchte noch bis 1570 erfolglos das Kloster zurückzubekommen.
Der Besitzer Carl Heinrich Alban Graf von Schönburg-Forderglauchau gestattete seit 1843 die Abhaltung katholischer Privatandachten in der Basilika. Dies löste einen jahrzehntelangen Streit mit der evangelischen Landeskirche aus.
Zu Fronleichnam 1900 verbot die Leipziger Kreisdirektion den Zutritt unbefugter Personen zum Schlosspark und entsandte ein Polizeiaufgebot („Wechselburger Kulturkampf“). Danach einigten sich die Schönburger und das Ministerium.
Offiziell zur römisch-katholischen Pfarrkirche und zum Wallfahrtsort wurde die Basilika erst 1945.