Der Eibsee entstand am Ende der letzten Eiszeit als sich der Isar-Loisach-Gletscher zurückzog. Zwischen 1700 und 1400 v. Chr. gab es eine starken Bergsturz mit einer vermuteten Menge von 350 Millionen m³. Dieser schuf die Seeform mit den vielen Mulden und acht Inseln. Die Inseln im Eibsee entlang der Nordseite sind alles Trümmer vom Bergsturz.
Der See hat nur zwei Bäche als Zufluss, aber keinen Abfluss. Das Wasser versickert und tritt nördlich im Loisachtal als Quelle aus.
Am Ostufer des Sees beim Hotel Eibsee ist die Bodenstation der Zugspitzseilbahn und ein Bahnhof der Zahnradbahn.
Vom 1. Mai bis zum 31. Oktober ist der See ein beliebtes Revier für Hobbyangler.
Eine Fischerfamilie kaufte 1803 den See vom bayerischen Staat. 1884 ersteigerte August Terne den Eibsee für 10.000 Goldmark. Ein Gasthof entstand 1900. Das Hotel, 1913 erbaut, wuchs bald auf die Kapazität von 200 Betten an.
1945 beschlagnahmte die US-Armee das Anwesen und nutzte es als Erholungsheim. Im Jahr 1972 wurde es an die Eigentümerfamilie zurückgegeben. Der See ist weiterhin in Privatbesitz.
Beliebt ist der Wanderweg um dem See.
