Bevor die Mulde das Stadtzentrum von Zwickau östlich umfließt, bildet sie im Ortsteil Cainsdorf Stromschnellen. Diese sind ein geschützter Geotop, weil hier Steinkohleflötze angeschnitten werden.
Der Fluss ist über längere Stecken des Ober- und Mittellaufes kaum verbaut. In besiedelten Bereichen begleiten ihn Hochwasserschutzdeiche, so z. B. im Stadtgebiet Zwickau. Hier ist der historische Stadtkern durch Bergbausenkungen tiefer als das Flussbett.
Bis in die 1990er Jahre war die Zwickauer Mulde hoch belastet u.a. durch schwermetallhaltige Industrieabwässer. Sie entwässerte die Metallverarbeitungs- und Bergbaureviere des westlichen Erzgebirges sowie die Industrieregionen um Chemnitz und Zwickau. Bei Zwickau verlässt der Fluss das Erzgebirge und passiert das VW-Werk Mosel und die Stadt Glauchau.
Sie durchfließt im mittleren Teil das Mittelsächsische Berg- und Hügelland mit Granulitgestein bis etwa Rochlitz.
