1227 wurde Elbogen als „civitas“ benannt. Im Mittelalter bestand eine Meistersingschule nach Nürnberger Vorbild. Gegen die Hussiten leistete Elbogen erfolgreich Widerstand. 1521 wurde die Reformation eingeführt und durch die Grafen Schlick gefördert. Der sächsische Oberst Thumshirm eroberte 1547 die Stadt. Elbogen war seit dem 15. Jh. bis 1848 Sitz des westlichsten böhmischen Kreises.
Die seit 1823 hergestellten Pumpernickel waren berühmt und wurden an das Kaiserhaus in Wien geliefert. 1836 erfolgte in Elbogen der Bau der ersten Kettenbrücken in Böhmen. Sie befand sich 22 m über der Eger. In den 1930er Jahren wurde sie durch eine Betonbogenbrücke ersetzt.